Juan de Zubileta nació en Barakaldo, en el barrio de la margen izquierda del río Cadagua, que hoy día conserva su nombre. Con casa solar en Barakaldo, era hijo de Martín Ochoa de Zubileta y de su mujer Sancha, de la cual se desconoce el apellido. De familia adinerada (Rentería en Bilbao, Rentería en Zubileta, casas en Portugalete, Gordejuela, Mesón de Castrejana etc.) su familia poseía 4 navíos a medias partes con Bertendona y otros parcioneros. La familia tenía tumba en Burtzeña.